Historie školy nás zavede na začátek minulého století.
V roce 1913 byla příměstská obec Staré Hodolany povýšena na město a v prostoru před nádražím, v Nových Hodolanech byla zřízena nová česká škola. Z počátku své existence sídlila v pronajatém domě s tím, že bude postavena nová budova.
V následujícím roce 1914 však vypukla první světová válka, a tak se s výstavbou začalo až po vzniku Československa.
14. května 1919 vypsala městská rada konkurz na stavbu školní budovy v Nových Hodolanech. 11. října byla stavba zadána staviteli Janu Komrskovi. Kolaudace proběhla 2. srpna 1921. Škola byla koncipovaná jako čtyřtřídní obecná a trojtřídní měšťanská.
Budova se stala sídlem pokusné reformní obecné školy a dvou měšťanských škol - od roku 1936 Měšťanské dívčí školy B. Němcové a Havlíčkovy chlapecké měšťanské školy. V bočním traktu v přízemí byla umístěna mateřská škola a přízemí v hlavní budově bylo pronajato od roku 1921 Státní odborné škole pro zpracování dřeva, která zde sídlila až do roku 1933.
Během druhé světové války - v červnu a červenci 1942 - se stala škola vzhledem ke své poloze u nádraží místem, kde byli olomoučtí Židé shromažďováni před transportem do Terezína. V pěti transportech bylo deportováno 3499 lidí, osvobození se dožilo pouze 288 z nich. Památku 3211 obětí připomíná pamětní deska (viz foto), umístěná na budově školy v roce 1996.
Jako vzdělávací instituce prožívala škola osudy shodné s dějinami českého školství. V roce 1948 byla přejmenována z obecné na národní a z měšťanské na střední školu, v roce 1953 byly spojeny obě instituce v osmiletou střední školu. Od roku 1961 existovala na Hálkově ulici základní devítiletá škola.
V roce 1985 sem byly ze školy Jiřího z Poděbrad přemístěny třídy s rozšířenou výukou jazyků. Tento typ školy zde sídlí dodnes.
V roce 2006 získala škola status fakultní školy, který byl začleněn i do jejího názvu. V témže roce přibyly třídy pro mimořádně nadané děti s rozšířenou výukou vybraných předmětů.
V listopadu 2017 byl do chodníku před vchodem do budovy školy umístěn jako první v celé republice Velký kámen zmizelých neboli "Stolperschwelle". Tyto velké kameny se pokládají před místa, odkud bylo deportováno do koncentračních táborů větší množství lidí.